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Un cronómetro evolutivo es una molécula usada para la determinación de las relaciones filogenéticas entre organismos, es decir mide el cambio evolutivo. Un buen cronómetro evolutivo debe reunir las siguientes características:
Los cronómetros evolutivos más usados actualmente son el rRNA 16S de los ribosomas de Procariotas (o 18S de Eucariotas),la subunidad beta de las ATPasas y algunos genes funcionales.